名前を知るためだけなら、いくつかのポイントだけを観察すればすむけれど、それではつまらない。他の蘚類と同様に、発生環境、標高、姿形、茎と枝、茎葉と枝葉などを細かく観察すると、いろいろなものが見えてくる。それにしても、ミズゴケは種の同定をするだけでも観察ポイントが多い。フィールドで、ルーペひとつで分かる種は限られるようだ。
 

　枝葉の透明細胞の様子を観察するにあたっては、孔や糸状の構造を、葉の腹面と背面で、それぞれ先端付近と中央付近で、別個に観察しなくてはならない(f)。孔の様子を詳細に観察するにはサフラニンで染色することが常識とされる。赤インクが代用に使える(b)。
　 　そこで、ミズゴケを観察する場合、最初にやることは、サフラニン水溶液の入った小瓶に、茎ごと放り込んで染色することだ(c)。これをシャーレなどに移して(d)、実体鏡の下で茎や枝から葉を取り外す作業をする。もちろん赤く染まったものを用いる(e)。
　もっともやっかいなのは、茎葉を取り外す作業だ。たいていは、茎に密着してついている上に、とても脆い。先端の非常に細い精密ピンセットを2本つかって、取り外すことになる。それに比べると、枝葉の取り外しは楽だ。片方のピンセットで茎をつかんで、もう一方のピンセットで、枝をはさんで葉をそぎ落とせばよい。これは簡単にできる。

　以外と面倒なのが、葉の表裏、つまり背面と腹面を区別してプレパラートを作ることだ。これには、葉の湾曲を利用する。凹面なら腹側で、凸面は背側だ。最初の頃は、そぎ落とした葉のなかから、壊れていない葉をピンセットでつまみ、腹側を上にしてスライドグラス上に4〜5枚並べ、その上にカバーグラスをかけた。次に、凸面を観察していた。最近では、葉を表向きと裏向き、それぞれ2枚ずつスライドグラスに載せて、これを一度に観察している。
 

　葉の横断面の切り出しには、実体鏡の下に枝を寝かせて、葉と枝を一緒に切り出している。何枚もの葉が一度に切り出せる。薄く切れた葉や枝はカミソリの刃面に付着する。これを、別に用意したスライドグラスに落としてプレパラートを作って観察している。
　しばしば、実体鏡をつかわずに枝を数本ピスに挟み込んで、ピス表面を削ぐようにカミソリをあて切り出すこともする。使い捨て注射器もけっこう使える。ミズゴケの葉の横断面切り出しは、比較的楽にできる。蘚類の中には、ミズゴケよりもずっと小さくて脆い葉をもつものが多数ある。さらに、クヌギタケ属 Mycena のキノコのヒダなどに比べると、ミズゴケは脆いとはいっても、かなりしっかりしていて、ピスに挟んだ程度では潰れない。

　しかし、やはりミズゴケは大変だ。目的が種の同定のためであっても、多くの部分を観察しなくてはならない。おまけに、サフラニンなどを使うので、指先が真っ赤に染まってしまう。